Müzisyen bir anne ve ressam bir babanın oğlu olarak dünyaya geldi. 1980'lerin başında Paris'teki güzel sanatlar akademisinde grafik eğitimi gördü. Burada Oui Oui isimli bir müzik grubu kurdu ve grubun bateristliğini yaptı. Grubun şarkılarına çektiği video kilplerle yönetmenliğe başladı. Kliplerden birini MTV'de yayınlanırken gören Björk kendisinden ilk albümü debut'un ilk single'ı olan human behaviour'a klip çekmesini istedi.Bu isteği geri çevirmeyen Gondry, bu klip sayesinde başka müzisyenlerin de ilgisini çekti. Daha sonra Massive Attack, Rolling Stones, Beck, The Chemical Brothers, Radiohead, Noir Désir gibi birçok önemli grubun ve müzisyenin şarkılarının video kliplerini yönetti. Sinema yönetmenliğindeki ilk uzun metraj denemesi senaryosunu Charlie Kaufmann'ın yazdığı Human Nature (2001) oldu. Daha sonra yine senaryosunu Charlie Kaufmann'ın yazdığı Eternal Sunshine of the Spotless Mind'ın (2003) ve senaryosunu kendi yazdığı The Science Of Sleep'in (2006) yönetmenliğini üstlendi. Aynı zamanda birçok kısa filme imza atan ve Amd, Air France, Nike, Levi's, BMW gibi birçok şirketin reklam filmlerini çeken yönetmen, Be Kind Rewind ve Master Of Space And Time adlı uzun metrajlı film projeleri üzerinde çalışmaya devam etmektedir.