Babası Levent Baykal annesi Derya Baykal olan yönetmen, Bilgi Üniversitesi Sinema TV Bölümünde 1 yıl okuduktan sonra ABD'de George Mason Üniversitesi Sinema TV bölümünden mezun oldu.  

Bu arada tiyatrocu Oya İnci teyzesi, Derya Baykal'ın Ferhan Şensoy'la evliliğinden olan kızları Derya ve Müjgan Ferhan Şensoy kardeşleridir.

ABD'de 4 yıl kalıp sinema prodüksiyon eğitimi aldıktan sonra İstanbul'da Sinan Çetin'in asistanlığını yapmaya başladı. Mert Baykal'ın Zihin Açıklığı adında da bir film şirketi vardır.

2004 yılında yapımcılığını Sinan Çetin'in üstlendiği senaryosunu Ferhan Şensoy'un yazdığı, usta oyuncu kadrosuna sahip PARDON adlı filmin yönetmenliğini yapmıştır. 

Yönetmen aynı zamanda internette yayınlanan ve adından söz ettiren Fi, Çi, Pi üçlemesini çekmektedir.

Mert Baykal 5 Temmuz 2012 tarihinde Berna Parlak ile evlendi. Ali adında bir oğlu vardır.