Bir Demet Tiyatro ile televizyon hayatına başlayan, Aşkım Aşkım ve Zaga'da daha geniş kitlelere kendini tanıtan Engin Günaydın 2004 yılında fenomen dizi Avrupa Yakası kadrosuna dahil olur ve Burhan Altıntop rolü ile patlama yaşar. 

Lisede, her sene yapılan okullar arası tiyatro yarışmasında aldığı ödül sonrası, jüri üyelerinin Günaydın'ı konservatuvara gitmesi yönündeki ısrarlarıyla karşılaşan sanatçının dönüm noktası ailesinin onu meslek sahibi olsun diye ablasının yanına İzmit'e yollaması olmuş orada tiyatroya girmiştir. Oradan Hacettepe Üniversitesi Ankara Devlet Konservatuvarı'na girdi, yatay geçişle Mimar Sinan Konservatuvarı'na girdi.

Engin Günaydın 1996'da profesyonel olarak ilk tiyatro deneyimini Otogargara'da yaşadı. Daha sonra "Bir Demet Tiyatro"'dan aldığı teklifle buraya geçti. Bir Demet Tiyatro"dan sonra, Mehmet Ali Erbil ve Emel Sayın'la "Aşkım Aşkım" dizisinde Tarık Usta'yı oynadı, Aynı yıl Zeki Demirkubuz'un Yazgı'sıyla Ankara Film Festivali'nde En İyi Yardımcı Erkek Oyuncu Ödülü'nü aldı.

2001-2004 Zaga

Engin Günaydın, kendini asıl Okan Bayülgen'in sunduğu Zaga'da gösterdi. Burada kısa skeçlerle seyirci karşısına çıkan Günaydın bu sayede Yazı Tura adlı filmde de bir rol kaptı ve Sencer karakterini canlandırdı. Ayrıca 2003 yılında "Hadi Uç Bakalım" ve "Alacakaranlık" dizilerinde oynadı.

2004-2009 Avrupa Yakası

Engin Günaydın, asıl çıkışını Gülse Birsel'in kendisini fark etmesiyle Avrupa Yakası'na katılarak yakaladı. Burada "Burhan Altıntop" karakterini canlandırarak büyük ilgi gördü ve bir ekran fenomeni haline geldi. 

Dizinin 14 Eylül 2005 tarihindeki 3. Sezon'da giriş yapan Günaydın, dizide İdare Müdürü rolünü canlandırdı ve dizinin 24 Haziran 2009 tarihindeki son bölümüne kadar devam etti.

2011-2012 Muhteşem Yüzyıl

1. Sezon 1. Bölüm'de konuk olarak geldiği saraya 2. Sezon 1. Bölüm (35. Bölüm)'de yerleşmeye karar vermiş ve dizi kadrosuna dahil olmuştur. Daha sonra sözleşmesi bitmiş ve diziden ayrılmıştır.

2013-2014 Galip Derviş

Galip Derviş, ABD yapımı Monk dizisinden uyarlanan Barakuda Film tarafından yapılıp Kanal D'de yayınlanan Polisiye, Komedi türündeki Türk televizyon dizisi özelliği taşımaktadır. Dizinin aynı adlı kahramanı Galip Derviş 5 sene önce karısı ölen ve obsesif kompulsif bir kişiliğe sahip, inanılmaz dikkatli aynı zamanda da çok zeki bir dedektiftir. Engin Günaydın Galip Derviş rolüyle takdire şayan bir oyunculuk sergilemiştir. 

Engin Günaydın başarılı projelerin ardından şaşırtıcı bir kararla dizi oyunculuğunu bıraktığını açıklamıştır. Ama filmlere devam edeceğini belirtmiştir.

Sanatçı ayrıca Garanti Bankası reklamında oynadı ve 2008 yılında Türk Ekonomi Bankası'nın reklam yüzü oldu, 2009'da da yeni reklamlarında oynadı.

Engin Günaydın O Hikâyedeki Mal Benim adlı bir stand-up şovu hazırlayıp sunmuştur.